国道は国土交通省が管理しています。
都道府県道は都道府県が管理しています。
市町村道は市町村が管理しています。
一つの径路の中に、国道と都道府県道と市町村道すべてが含まれるという場合も珍しくはありません。
本来ならば、それぞれの道路管理者にそれぞれ申請して許可を受けなければならないのですが、オンライン申請では、そのうち一つの道路管理者(実際には国土交通省の管轄する道路の管理者)にまとめて申請できるというメリットがあります。
申請を受けた道路管理者が他の機関(都道府県や市町村)と協議して最終判断をしています。だから、一般的に経路の中に異なる道路管理者が管轄する道路が多く含まれるほど、審査期間が長くなります。

特殊車両通行許可申請をお考えの方は是非ご覧ください。

特殊車両通行許可申請支援センター 全国特車ネット北海道支部のホームページ